Autodesk Molecular Viewer - CAD technologie pro biologii

Když společnost CAD Studio začínala v roce 1991 a stala se vzápětí partnerem Autodesku, vypadalo kompletní portfolio nabízených softwarových produktů této firmy nějak takto - vše samozřejmě aplikace pro DOS: AutoCAD R11 (CAD), AutoSketch (2D kreslení), 3D Studio R2 (3D vizualizace), Animator (2D animace) a HyperChem (modelování molekul). Zatímco první dva produkty existují i nadále a z třetího vznikl 3ds Max, Animator ani HyperChem už v nabídce Autodesku dávno nejsou. Ale ozvěna HyperChemu se nyní vrací.

Divize Autodesk Research je aktivní i v oblasti bio- a nanotechnologií a jedním z vytvořených nových produktů je Autodesk Molecular Viewer - 3D prohlížeč složitých molekul pro vědecké účely. Struktura molekul bílkovin je úzce svázaná s jejími funkcemi. Proto je znázornění 3D struktury molekul velmi důležité pro vědecký výzkum v oblasti biologie.

Molecular Viewer zpracovává popis molekuly a znázorňuje ji pomoci stejných cloudových technologií, které jsou používány pro interaktivní prohlížení rozsáhlých 3D CAD modelů ve známých cloud službách Autodesk 360. Pokud tedy používáte tzv. LMV (large model viewer) pro cloudové prohlížení vašich souborů v libovolném CAD formátu (viz např. A360 Cloud Viewer), stejnou technologii byste našli i v Molecular Vieweru.


via Alive in the Lab

Autodesk v biologii - Project Sci-Viz

Firma Autodesk je aktivní i v oblastech, které zdánlivě nesouvisí s jejími "primárními" obory CAD, GIS nebo médií a zábavy. Nejnovější aktivitou v tomto směru je "Project Sci-Viz" - vědecký vizualizační nástroj pro obor biologie. Není to její první aktivita v podobných oborech. Již v roce 1990 vytvořil Autodesk společný podnik s firmou Hypercube, kde vyvíjel a prodával nástroj pro modelování chemických sloučenin "HyperChem" (v CAD Studiu jsme jej v té době prodávali také v Československu). V roce 1994 se vývoj HyperChemu oddělil zpět do Hypercube, kde pokračuje dodnes.

Project Sci-Viz je doplněk do Autodesk 3ds Max. Autodesk Labs vyvinuly API a jádro Python umožňující běh nástrojů z dílen Olson Molecular Graphics Laboratory a UCSF v prostředí 3ds Max. Nástroje "embedded Python Molecular Viewer" (ePMV), AutoPack a CellPack tak mohou pracovat přímo v prostředí 64bitové verze 3ds Max 2013.

nukleokapsida HIV (Mark Yeager)

AutoPack je nástroj pro vyskládání různých typů tvarů do zadaného objemu nebo na zadaný povrch (mimochodem jeho uplatnění může být širší než jen biologie). Na něm je pak postaven nástroj CellPack umožňující tvořit podle zadaných předpisů biologické materiály a poskládat je do realistických molekulárních modelů v prostředí 3ds Max. "Molekulární prohlížeč" (ePMV) je doplněk 3ds Max umožňující snadný import molekulární geometrie z různých zdrojů, např. z Proteinové databáze (Protein Data Bank).

Více o Project Sci-Viz a stažení tohoto "technology preview" (expiruje 1.3.2013).